1) 総会、理事会、役員

公益社団法人日本工学アカデミーの組織は、法律に定められた公益社団法人の運営原則に従い、正会員で構成される総会が最高の意志決定機関です。総会で選出された理事が理事会を構成し、日常業務に必要な諸決定を行うと共に、その執行のために会長、副会長、専務理事を互選します。また、総会で選出された監事が、理事会および執行部の業務を会員を代表して監査します。
会の実質的な管理と事業は、各委員会、プロジェクトを通じて行われますが、その活動をサポートするために事務局が置かれています。

2) 委員会・プロジェクト・支部（2018）

公益社団法人日本工学アカデミーでは事業を大きく、「会員増強」、「事業企画推進」、「国際連携」、「情報発信・普及啓発」、「工学プレゼンス向上」の5つにわけ、それぞれに総括責任者（業務執行理事を充てる）を置くとともに事業実施のための委員会を設置し、諸事業の戦略的な推進と円滑な運営を図っています。
プロジェクト活動では、我が国の工学及び科学技術全般の発展に寄与することを目的に、多様な分野で顕著な実績と広範な識見を持った産学官の指導的立場にある会員により結成された団体として、先見性、創造性を持ち、特定利益にとらわれない高い見識でもって、行政、産業界などに向けて忌憚のない提案・提言を発信します。
支部・地区活動での特徴ある活動を中心に、広く事業展開を目指しています。